洁净室的循环送风是通过高效（亚高效）过滤器过滤后进入无尘洁净室内的，可以视为无菌空气，但这一过程并没有杀菌作用。只要室内有人员的活动就可能产生尘菌，人的皮肤由于新陈代谢会不断脱落皮屑，这可为微生物生存和繁殖提供营养源，在适宜的温湿度条件下，会使微生物迅速繁殖。洁净室最有效除菌方法是采用净化空调系统，但是净化空调系统不能提供洁净室内的起始无菌状态，用消毒灭菌的方法可弥补这一缺陷。因此，每间洁净室都应该有完善的消毒灭菌制度，以保证室内的洁净无菌环境。

医药、生物、食品、医院等无尘洁净室对尘菌控制要求更为严格，这些行业和场所应用无尘洁净室可设计安装消毒灭菌设备进行杀菌，如紫外线灯照射，臭氧灭菌等。根据洁净室使用特点来确定消毒灭菌方法和周期，有的需要每日消毒，而有的洁净室每周消毒一次即可。

紫外线灭菌灯照射，属于电磁辐射消毒法。影响紫外线杀菌的主要因素有：1. 灯管使用时间：一般使用时间为1000H，定期用仪器检测灯管的输出强度，新灯管紫外线强度大于 90UW/CM2, 当灯管紫外线强度低于70UW/CM2，应予更换。2.环境温湿度：适宜温度为 20℃ ，一般相对湿度在40%-60%紫外线杀菌效果最好，当环境湿度高于80%，对紫外线灯除菌影响较大，甚至对细菌有激活作用。3 照射距离：照射距离与灭菌效果成反比关系，在距灯管中心近距离范围内，照射强度与距离成反比。4. 紫外线只能对静止的物体有灭菌作用，对流动空气的意义不大，在组合式净化空调机组停运时，紫外线照射也可以作为机组消毒的一种手段。

臭氧杀菌，臭氧在常温下是强氧化气体，也是一种广谱杀菌剂。可以用于杀灭细菌及其芽孢、病毒及真菌，也被广泛用于洁净室内部杀菌。由于臭氧是极不稳定的气体，在常温下会自行分解成氧气，故不能储存。一般都是通过臭氧发生器现场制备，臭氧为强氧化剂，其杀菌能力极强，对人体及室内某些物体也有损害，所以使用高浓度臭氧杀菌，只能在房间无人状态进行，杀菌结束30 分钟以后才允许人员进入。