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生物洁净室，主要分为两大类；一般生物洁净室和生物学安全洁净室。净化工程设计人员通常接触的是前者，它主要控制有生命微粒对操作人员的污染。在某种程度上说是增加灭菌处理工序的工业洁净室。对工业洁净室来说，采暖通风空调专业设计中，控制洁净度级别的重要手段是通过过滤和正压，对生物洁净室来说除了采用工业洁净室相同方法外，还需要从生物安全的角度，有时则需要采用负压的手段来防止制品对环境的污染。
近年来，生物制品发展很快，在诸多药厂设计中也逐步涉及生物制品的领域。生物学安全洁净室，主要用于科学试研和生物产品的开发。生物制品是药品中的一大类别，是以微生物寄生虫的毒素及生物组织作为起始材料，采用分离纯化技术或生物学工艺制备，以生物学技术和分离技术控制间产物和成品质量制成的活性制剂。
在制品生产过程中涉及高危致病因子的操作，其空气净化系统等设施还应符合特殊要求。生物安全洁净室与工业洁净室所不同的是首先要保证操作区维持负压状态，尽管此类生产区的级别不是很高，但会有较高的生物危险度级别。关于生物危险度，在我国 WTO 及世界其他国家均有相应标准。 通常采用的措施为二次隔离，首先由安全柜或隔离箱，将病原体与操作者一次隔离，主要是阻止危险微生物外溢的一道屏障。二次隔离是将实验室或工作区变为负压区与外界的隔离。对于空气净化系统也相应采取一定的措施，如室内维持负压30Pa~10Pa，并与相邻非洁净区之间设置负压缓冲区。
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